Was bereits befürchtet und berichtet wurde, ist nun leider eingetroffen. Ein „Wiederbelebungsversuch“ mit dem Ziel, den Basel City Marathon zu retten, ist gescheitert. Der Basel City Marathon findet definitiv nicht mehr statt. Da der Verein Basel City Marathon illiquid ist, werden die Aktivitäten des Vereins per sofort vollständig eingestellt.
Ende 2006 hat sich bereits abgezeichnet, dass sich der Basel City Marathon in einer ernsthaften finanziellen Not befindet. Aufgrund einiger Berichterstattungen haben sich interessierte Gruppen gemeldet, welche den Event finanziell und organisatorisch unterstützen wollten.
Die Gespräche mit der Regierung und der Verwaltung verliefen jedoch entsprechend. Sogar eine weitere Subventionierung des Basel City Marathons durch den Lotteriefond des Kantons Basel-Stadt wurde als fraglich bezeichnet. Der Lotteriefonds Basel-Stadt will in Zukunft allenfalls noch einen Marathon finanziell unterstützen. Damit ist an eine Weiterführung des Basel City Marathons nicht mehr zu denken und die Restrukturierungsbemühungen mussten eingestellt werden.